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依据医学的分类，便秘区分成功能性便秘与器质性便秘两种，而病因则包括：

1、不良的饮食及排便习惯(如少喝水、少吃纤维质食物、忍住便意等)。

2、大肠直肠肛门病灶(如肠道发炎、狭窄、大肠憩室症、肠躁症等)。

3、神经性病变(如肠道周边或中枢神经系统的病变、肿瘤等)。

4、内分泌和新陈代谢障碍(如甲状腺机能低下、高血钙、低血钾、糖尿病、尿毒症等)。

5、服用药物引发的副作用(如止痛药、安眠药、镇定剂、利尿剂、神经节阻断剂等)。

6、精神疾病障碍(如压力过大、焦虑症、忧郁症等)。

7、自发性功能性障碍(如大肠无力症、特异性耻骨、直肠肌收缩等)。

而除了上面所说的这些病，近年来医界临床又发现另一种造成便秘的原因，与肠道无关，而是与腰椎间盘突出有关。 椎间盘其实是一块软骨，构造为纤维环包裹着髓核，而纤维环的张力与髓核的避震效果，都能帮助嵴椎灵活动作并减轻负担。但如果纤维环磨损、出现裂缝，果冻状的髓核从裂缝被挤压出来，压迫到一旁的神经系统，就会变成椎间盘突出。

如果椎间盘突出压迫到位于腰椎第二节以下的神经根丛，就会引发马尾症候群，出现神经性功能障碍，而导致便秘或大小便障碍等症状。