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如果是不干净的食物引起的拉肚子，或是旅行途中水土不服，因为其他疾病吃抗生素引起的拉肚子，多半是坏菌太多造成的，可以吃益生菌来帮助肠道菌种回复平衡。

如果吃太多消炎药，或是压力过大的时候，出现胀气、消化不良，或是便秘跟拉肚子交替的症状，就要怀疑自己是肠漏症;肠漏症是坏菌攻击肠道黏膜造成肠壁破洞，所以治疗破洞的同时，补充益生菌可以阻止坏菌继续破坏肠壁。

因为生理构造的关係，所以肛门的菌种很容易跑到性器官上，造成阴道挠痒、摄护腺发炎，如果女性发现自己分泌物变多，男性发现自己尿液有臭味、后背疼痛或排尿疼痛，除了就医之外，也可以透过益生菌来减低肠道坏菌数，减少感染可能。