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肠道微生物群不只维持肠道的消化运作，还跟人体的免疫系统有很大的关系，原因就来自于肠道菌提供了相当大量的基因物质，是人体所含基因的150倍。如果缺乏肠道细菌，就会引起各地方的发炎反应，而且多半不是在肠内。
目前对于肠道微生物的运作模式还不是很清楚，但可以将肠道视为一个丰富的生态圈，提供人体所需的免疫细胞抗原发展、消化道的酵素反应等，而人体的能量来源正是消化系统、免疫系统更是提供人体正常运作的基础功臣，可以稍稍解释肠道菌对人体的重要性跟反应。
2 肠道菌跟关节炎如果肠道菌会跟发炎有关，那骨头的发炎是不是也算在内?抱持这样的好奇心，美国罗彻斯特大学(University of Rochester)关节炎病学研究员Michael Zuscik博士开始一连串的研究。
一般人都认为，年纪增长后的肥胖会加速关节磨损，因此是退化性关节炎的主要来源，但Zuscik在实验中，发现有肥胖型关节炎的老鼠只要吃了能活化肠道益生菌双歧杆菌属的果糖，就能改善关节炎的症状，显示发炎反应或许是细菌引起。而在骨关节炎分泌的滑液和滑膜组织中，可以侦测到细菌的DNA，这些细菌感染关节处的组织，造成磨损破坏，而活化的肠道益生菌，正可以抑制这些攻击关节的坏菌，益生菌在循环代谢的过程中，也能减缓免疫反应，让发炎情形不那么严重。
同时，在另一项类风湿性关节炎的动物实验中，也发现肠道益生菌的作用相当于非类固醇消炎剂。Zuscik说，现在还无法确认微生物的所有功用，但可以知道的是，让肠道充满多元种类的益生菌，可以改善许多意想不到的疾病。